药物预防是在健康畜群中，投入化学药物、中草药或抗菌素类等药物，依靠药物在动物体内起作用，以达到预防或减少发病的目的。
工厂化养猪场常用于疫病防治的药物有各种抗菌素、磺胺类药物等。常采用策略用药方法。妊娠母猪和公猪定期（每2～3个月）饲料添加药物。如支原净110ppm+金霉素300ppm。断奶仔猪断奶后两周饲料添加药物，如10％氟尔康400ppm+阿莫西林200ppm。
工厂化养猪场预防猪病方面，主要预防仔猪下痢、猪气喘病和猪萎缩性鼻炎等。预防仔猪下痢，可在乳猪料、仔猪料及哺乳母猪料添加药物。预防猪气喘病或猪萎缩性鼻炎，妊娠母猪分娩前14天以及哺乳期间，饲料均添加药物；仔猪哺乳期间每周1～2次注射或鼻内喷雾抗菌素或磺胺药物，断奶后2周饲料添加药物。
对药物的应用应控制在最低限度，常用于治疗的药物，不用于预防。在使用弱毒菌苗对猪只进行免疫接种时，免疫前后3～5天停止用药，以免影响免疫效果。