消毒是杀灭或清除停留在体外传播因素上的存活病原体，目的是切断传播途径，借以预防、控制或消灭传染病。
严格执行消毒制度，杜绝一切传染病来源，是确保猪群健康的一项十分重要的措施。工厂化养猪场应根据不同的消毒对象采用不同的方法，通常以采用机械清扫和冲洗与使用各种化学消毒剂相配合。
⒈大门
⑴大门入口处设有消毒池（池长为车辆车轮两个周长以上），消毒池使用2％烧碱或1:200农乐或1:300消毒灵等，消毒对象主要是车辆的轮胎。
⑵设喷雾消毒装置：要求喷雾粒子60～100微米（其中有效粒子占80％），雾面1.5～2米，射程2～3米，动力10～15公斤空气压缩机。消毒液采用1:200农乐或1:300消毒灵等，消毒对象是车身和车底盘。
⒉人员
工作人员进入各生产车间前，必须在室内，洗澡（或淋浴），换上经过消毒的工作衣裤、工作帽和胶鞋，洗手消毒后经消毒池方可进入车间，必须参观的人员，其消毒方法与工作人员相同，并须按指定路线进行参观。
⒊猪舍
在采用“全进全出”饲养方式的猪场，在引进猪群前，空猪舍应以下列次序彻底消毒：
⑴清除猪舍内的粪尿及垫料等。
⑵用高压水彻底冲洗顶棚、墙壁、门窗、地面及一切设施，直至洗涤液清彻透明为止。
⑶水洗干燥后，关闭门窗，用福尔马林薰蒸消毒12～24小时。
⑷再用1:300消毒灵或2％烧碱消毒一次，24小时后用净水冲去残药，以免毒害猪群。
⒋饲养管理用具
饲槽及用具需要每天洗刷，定期用1:300消毒灵或0.1％新洁而灭消毒。
⒌走廊过道及运动场
定期用2％烧碱或1:300消毒灵消毒。
⒍猪体
用0.1％新洁而灭，2～3％来苏儿或0.5％过氧乙酸等进行喷雾消毒，喷雾粒子要求50～10微米，射辐1～2米，射程10～15米。
⒎产房
地面和设施用水冲洗干净，干燥后用福尔马林薰蒸24小时，再用烧碱或消毒灵等消毒一次，事毕用净水冲去残药，最后用10％石灰乳粉刷地面和墙壁。母猪进入产房前全身洗刷干净，再用0.1％新洁而灭消毒全身后进入产房。母猪分娩前，用0.1％高锰酸钾溶液消毒乳房和阴部。分娩完毕，再用消毒药水抹拭乳房、阴部和后躯，清理胎衣和产房。产出的仔猪，断牙、断尾、剪耳、编号、注射铁剂，并按强弱安排好乳头。同时应严格控制产房的温度，使其合乎规定的要求。