消毒前不清理污物彻底的机械清除是有效消毒的前提。消毒前应先将可拆除的用具运至舍外清扫、浸泡、冲洗、刷刮，并反复消毒，舍内从屋顶、墙壁、门窗，直至地面和粪池、水沟等按顺序认真清理和冲刷干净，然后再进行消毒。
消毒不严格消毒是非常细致的工作，要全方位地进行消毒，如果留有“死角”或空白，就起不到良好的消毒效果。对进入生产区的人员必须严格按程序和要求进行消毒，禁止工作人员不按要求消毒而随意进入生产区或“串舍”。
用干燥的石灰消毒在养殖场或畜禽舍入口池中，堆放厚厚的干石灰，这起不到有效的消毒作用。使用石灰消毒最好的方法是加水配成10%～20%的石灰乳，用于涂刷畜禽舍墙壁1～2次，既可消毒灭菌，又有涂白美观的作用。
长期使用同一种消毒药细菌、病毒对药物会产生耐药性，对消毒剂也可能产生耐药性，因此最好是几种不同类型的消毒剂交叉使用。
消毒液不现配现用消毒池中的消毒液不勤换、不保持有效浓度。消毒液要现配现用，否则可能会发生化学变化，造成“失效”。消毒池中的消毒液要经常更换，保持相应的浓度，才能达到预期的消毒效果。
用刺激性较强的消毒药带畜消毒或空栏消毒后不冲洗残留药物用强酸、强碱等刺激性强的消毒药进行带畜消毒，会造成畜眼、呼吸道的刺激，严重时甚至会造成皮肤的腐蚀。空栏消毒后一定要冲洗，否则残留的消毒剂会造成畜禽蹄爪和皮肤的灼伤。
不发疫病不消毒虽然没有发生传染病，但外界环境可能已存在传染源，传染源会排出病原体。如果此时没有采取严密的消毒措施，病原体就会通过空气、饲料、饮水等传播途径，入侵易感畜禽，引起疫病发生。